F,P,D Univers. Structure of HIV genome 'decoded'
HIV drugs
The team hope their work will pave the way to new treatments

Scientists say they have decoded the entire genetic content of the HIV-1 virus, a key source of Aids infection.

They hope this will pave the way to a greater understanding of how the virus operates, and potentially accelerate the development of drug treatments.

HIV carries its genetic information in more complicated structures than some other viruses.

The US research, published in Nature, may allow scientists the chance to look at the information buried inside.

HIV, like the viruses which cause influenza, hepatitis C and polio, carries its genetic information as single-stranded RNA rather than double-stranded DNA.

The information enclosed in DNA is encoded in a relatively simple way, but in RNA this is more complex.


We are also beginning to understand tricks the genome uses to help the virus escape detection by the human host
Ron Swanstrom
study author

RNA is able to fold into intricate patterns and structures. Therefore decoding a full genome opens up genetic information that was not previously accessible, and may hold answers to why the virus acts as it does.

The team from the University of North Carolina at Chapel Hill said they planned to use the information to see if they could make tiny changes to the virus.

"If it doesn't grow as well when you disrupt the virus with mutations, then you know you've mutated or affected something that was important to the virus," says Ron Swanstrom, professor of microbiology and immunology.

"We are also beginning to understand tricks the genome uses to help the virus escape detection by the human host."

Deep inside

Dr David Robertson from the University of Manchester welcomed this "definitive analysis".

"What this may reveal is some of the proteins operating at a level below the structures, which may have all sorts of functions within the virus.

"More generally, if we can unpick the structures then we can compare the systems of different viruses and gain new understanding of how they work."

Keith Alcorn of the HIV information service NAM added: "Encouraging the virus to mutate is not a new idea, but it is one of a number of options on the table.

"How important this information will be for the development of new drugs remains to be seen, but it is a useful addition to what we know."
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Decodificato il genoma dell'Hiv
"Così il virus si nasconde"
Nature: per la prima volta tracciata la mappa genetica dell'Hiv1, responsabile, insieme all'Hiv2, dell'Aids. Un passo in avanti che potrebbe accelerare lo sviluppo di farmaci e che fa capire meglio perché la malattia infetta l'uomo in modo così subdolo

Decodificato il genoma dell'Hiv
"Così il virus si nasconde"
ROMA - La struttura del virus Hiv1, responsabile insieme all'Hiv2 dell'Aids, non ha più segreti. Segnando un passo in avanti importante nella comprensione della malattia e di come infetta l'uomo, un gruppo di scienziati dell'Università della North Carolina negli Stati Uniti, per la prima volta ne ha decodificato l'intero genoma, in uno studio che appare in copertina sull'ultimo numero di Nature e che promette di accelerare lo sviluppo di farmaci antivirali. Perché avere a disposizione la mappa genetica del virus significa comprendere meglio le strategie che mette in atto e che gli permettono di essere così sfuggente.

Il virus Hiv si suddivide nei due ceppi Hiv1 e Hiv2: il primo è più diffuso prevalentemente in Europa, America e Africa centrale, il secondo è localizzato soprattutto nell'Africa occidentale e Asia. Questo virus, spiegano gli autori della ricerca, coordinata da Kevin Weeks, proprio come nel caso dell'influenza, dell'epatite C e della polio, trasporta le sue informazioni genetiche attraverso un singolo filamento di Rna anziché i due filamenti del Dna. L'informazione codificata nel Dna è quasi per intero nella sequenza dei suoi nucleotidi, ovvero i costituenti elementari, paragonabili a "mattoncini". Ma l'informazione codificata nell'Rna è più complessa: l'Rna è abile a piegarsi in strutture più intricate e tridimensionali che si creano quando l'Rna si ripiega su se stesso come se fosse un nastro. Precedenti ricerche avevano ricostruito solo piccole regioni del genoma del Rna dell'Hiv, ma quest'ultimo è molto grande, composto da due filamenti di circa 10mila nucleotidi ciascuno.

Kevin Weeks e i colleghi hanno usato una tecnologia di analisi dell'Rna chiamata "Shape" per decodificare l'intera struttura del genoma del virus a livello di un singolo nucleotide. Come sospettato, la composizione dei nucleotidi influenza la produzione delle proteine, ma il team ha anche mostrato che le strutture dell'Rna influenzano molti passaggi nel ciclo infettivo dell'Hiv: come per esempio la traslazione e il ripiegamento delle proteine.

Lo studio ha numerose implicazioni, sia per sviluppare nuovi farmaci sia "per comprendere", sottolinea Weeks, "altri ruoli nel genoma dell'Rna che sono importanti per il ciclo di vita di questi virus". Non solo: grazie alla decodifica, gli scienziati guidati da Weeks hanno cominciato anche a comprendere quali sono i "trucchi" che il genoma usa per permettere al virus a non essere individuato nel corpo umano.

(5 agosto 2009)


"Solo ideas del hombre".